Les collections océaniennes ont été données au 19ème siècle, et dans une moindre part au 20ème siècle. Elles ont été le plus souvent ramenées de voyages autour du monde parmi de "nombreux objets et matériaux pour l’histoire naturelle".

Au début du 20ème siècle, une panoplie d’armes océaniennes était présentée sur les murs de la cage d’escalier.

En 1958 , des pièces océaniennes du Muséum ont été prêtées au Musée Dobrée pour l’exposition « Trésors d’archéologie américaine et océanienne des musées de province ». C’est la seule exposition connue où des œuvres océaniennes des musées de la région sont présentées à Nantes. A cette occasion, un spécialiste du Musée de l’Homme en avait fait l’inventaire.

De 1975 à 2003, à l’initiative de la directrice Mme Baudouin, une galerie d’ethnographie présentait des objets d’Asie, d’Afrique et d’Océanie.

Afin d’enrichir les collections du Muséum, une quarantaine d’objets du Muséum de La Rochelle étaient en dépôt. Une restitution partielle des objets a été effectuée en 1998 à la demande du Muséum de La Rochelle. En 2003, le reste des pièces de La Rochelle fut restitué et les collections de Nantes mises en réserves.