Du 17ème siècle au début du 20ème, la Ville de Nantes présente de nombreux atouts pour favoriser le développement de la botanique :
- un grand port commercial à destination d'Outre Mer
- un jardin d'apothicaires créé en 1688, devenu "jardin royal" en 1720
- une ordonnance de Louis XV, en 1726, obligeant les capitaines de navires à rapporter des plantes des pays étrangers
- un jardin des plantes, véritable école botanique où sont acclimatées des essences exotiques
- des sociétés savantes (la Société Académique de Loire Inférieure, la Société d'Horticulture créée en 1828, la Société des Sciences Naturelles de l'Ouest de la France créée en 1891)
C'est dans ce contexte favorable que se constitue la collection des herbiers du muséum de Nantes.
Entre 1837 et 1840, plusieurs botanistes nantais acceptent de siéger à la commission de surveillance du muséum : Moisan (1805-1888), auteur de la première flore nantaise, Pradal (1793-1874), botaniste et entomologiste, Desvaux (1748-1856), ancien directeur du jardin botanique d'Angers, Hectot (1769-1843), premier directeur du jardin des plantes, Delamare (1804-1889), médecin.
En 1846, Jean-Baptiste Pesneau (1775-1846), auteur du "catalogue des plantes de Loire Inférieure" paru en 1837, lègue au muséum ses collections d'insectes, son herbier et son grainetier.
Entre 1849 et 1860, Frédéric Cailliaud, alors conservateur du muséum, consacre une partie de son budget à l'achat de plantes : il achète au fur et à mesure de leur parution, les fascicules de l'exsiccata de Desmazière "Les plantes cryptogames de France" ainsi que celui de Mougeot "Stripes cryptogames vogeso rhenanes".
En 1852, l'herbier de l'abbé Jean-Marie Delalande (1806-1851) est légué à la section de science naturelle de la Société Académique de Loire Inférieure. Cet herbier fait aujourd'hui partie des collections du muséum.
L'enrichissement notable du muséum en botanique est lié à l'arrivée d'Édouard Dufour (1829-1882), adjoint de Cailliaud de 1862 à 1869, puis directeur de 1869 à 1882.
En 1862, il étudie l'herbier de Delalande et en extrait les doubles avec lesquels il se confectionne un herbier intitulé "herbier numéro 2 de Dufour" qui s'ajoute à celui qu'il a constitué personnellement.
Ses archives font état de démarches effectuées auprès de botanistes de renom pour enrichir ses collections personnelles qu'il acquiert avec ses propres deniers. C'est ainsi qu'il achète l'herbier de Paul-Constant Billot (1796-1863) entre 1864 et 1866 et qu'il acquiert une partie de l'herbier Fée (1789-1874) en 1868. Devenu directeur du muséum, il poursuit ses acquisitions, en se dotant de parts d'herbiers de Toussaint, Balansa, Jardin, Kralick, Kotschy, Durando, Maille (ex-Mérat)...
Le 19 août 1875, le nouveau muséum est inauguré place de la monnaie. L'acquisition d'un nouvel "écrin" pour les collections, comparé à l'exiguité et l'humidité de l'ancien muséum, favorise probablement les dons des collectionneurs. Ainsi, un second legs important, après celui de Pesneau en 1846, arrive en 1877 : celui de Louis Bourgault Ducoudray (1804-1877) qui confie sa collection de fruits et graines et son herbier.
En 1878, Dufour a le projet de créer une salle de botanique au premier étage, dans l'aile gauche.
Il décède en 1882 et est remplacé par Louis Bureau.
La ville de Nantes acquiert ses collections en 1883.
En 1891, sous l'impulsion de Louis Bureau, la Société des Sciences Naturelles de l'Ouest de la France (SSNOF) est créée. Les séances sont l'occasion d'échanges entre érudits locaux qui font part de leur découvertes et donnent parfois des échantillons au muséum comme cet Aspidium aculeatum, aujourd'hui très rare, récolté par Monsieur Borgogno à Vertou en 1893.
C'est également au cours de ces séances que Louis Bureau fait part des enrichissements apportés aux collections du muséum, incitant ainsi de nouveaux dons de la part des collectionneurs tels que les lichens offerts par Monsieur Picquenard à l'herbier régional en 1898 ou le don de l'herbier d'Emile Pradal (1795-1874) par Charles Ménier en 1900...
Dans le même temps, Louis Bureau constitue avec l'aide de Paul Citerne, un herbier de l'Ouest de la France en prélevant des échantillons dans l'herbier de Dufour et celui de Citerne.
Des dons importants viennent par la suite enrichir les collections de botanique : la collection de lichens, léguée par l'Abbé Dominique (1838-1902) en 1902, l'herbier d'Edouard Bureau en 1903, l'herbier de Charles Ménier en 1910.
En 1913, le muséum acquiert la bibliothèque et l'herbier d'Ambroise Viaud-Grand-Marais (1833-1913). En 1918, la SSNOF lance une souscription et acquiert, pour en faire don au muséum, la bibliothèque de la section de sciences naturelles de la Société Académique. Peut-être est-ce à cette époque que l'herbier Delalande fit son entrée au muséum.
En 1941, les enfants de Paul Citerne font don de l'herbier de leur père.
En 1982, le muséum reçoit l'herbier de Jean Aubineau.
À partir de 2001, les collections de botaniques font l’objet de campagnes annuelles d’inventaires informatisés. Début 2019, ce sont plus de 106.000 échantillons qui sont référencés et consultables en base de données.
Il devient alors plus facile de valoriser les herbiers. Les demandes des chercheurs peuvent être satisfaites et des prêts peuvent être consentis pour les expositions temporaires.
En mai 2008, la SSNOF fait don de l'herbier du docteur Petit (1914-1999) qu'elle avait reçu de ses descendants.
En 2010, le muséum acquiert l’herbier de Hippolyte François Jaubert (1798-1874) homme politique, industriel et botaniste. Depuis, chaque année, c’est un nouvel herbier constitué à la fin du 19ème ou du début du 20ème siècles qui est donné au muséum par des particuliers.
De 2015 à 2017, le muséum participe activement au projet HerbEnLoire financé par la région Pays de la Loire (HerbEnLoire est un projet financé par la région des Pays de la Loire et soutenu par la Direction Régionale des Affaires Culturelles (DRAC) et e-Recolnat qui vise à recenser et numériser les collections naturalistes).
Ce projet a révélé les herbiers et autres collections apparentées conservées dans la région aussi bien dans les institutions que chez les particuliers dans le but de protéger ce patrimoine historique et scientifique.
Ce travail est valorisé par la conception d’une exposition itinérante qui est présentée au muséum de Nantes de novembre 2018 à mai 2019.
C’est lors de l’inauguration de cette exposition qu’est révélé au public présent le projet d’ouverture prochaine d’une salle de botanique mettant en valeur non seulement les collections botaniques actuelles mais aussi le fonds d’ouvrages anciens sur la botanique et la riche collection de paléobotanique exauçant ainsi le vœu émis par Dufour en 1878 !