Les différentes collections du muséum sont réparties dans les différentes galeries.
En Galerie des sciences de la Terre et de l’Univers :
• Paléontologie, fossiles d’animaux et de plantes
• Roches et minéraux
• Histoire des sciences : minéralogie
En Galerie de zoologie :
• les vertébrés, classés selon la classification de êtres vivants
• les oiseaux en mezzanine (pas d’accessibilité PMR)
• salle orange : matériel pédagogique pour la Galerie de zoologie
Le vivarium :
• consacré aux squamates, il présente différentes espèces de serpents et lézards vivants.
Pour certains espaces et certains niveaux, des outils de visite (matériel, jeux) sont disponibles. Il est vivement conseillé aux enseignants de venir prendre connaissance des outils de visite avant leur venue au muséum.
Conçus en collaboration avec les professeurs chargés de mission, le Service des publics édite des dossiers pédagogiques, présentant le contenu scientifique des expositions ainsi que des exploitations possibles avec les élèves. Ils sont remis aux enseignants lors des réunions d'information, ou à la demande en prenant contact avec le muséum.